Муниципальное общеобразовательное учреждение «Лицей» Ельниковского муниципального района Республики Мордовия начинает свою историю 03 ноября 1999 г.
Тогда была открыта Ельниковская средняя школа №2. В 2000-2001 учебном году школа впервые заключила двусторонний договор о научно-методическом сотрудничестве с Саровским физико-техническим институтом (СарФТИ), что способствовало развитию естественно-научного образования школьников и более квалифицированной подготовке выпускников школы для поступления в технические вузы. В 2004 г. Ельниковская средняя школа №2 получила статус лицея, в котором работает по настоящее время.
В 2009 году МОУ "Лицей" вошел в тройку лучших сельских образовательных организаций Республики Мордовия.
